Dzieje eksploracji W czasach historycznych jaskinia była znana od dawna. Chronili się w niej pasterze wypasający bydło w rejonie dawnej bojnickiej osady, a później strażnicy dokonujący obchodów murów miejskich. Co najmniej od połowy XIX w. użytkownicy ogrodów kościelnych mieli w niej kompostownik i śmietnik. Nazwa jaskini związana jest z jej „odkrywcą”, którym był w 1926 r. ówczesny proboszcz bojnickiej parafii rzymskokatolickiej, a jednocześnie archeolog amator, ksiądz Karol Anton Medvecký (1875–1937). Po uprzątnięciu śmieci wraz z innym miłośnikiem archeologii, Gejzą Turbą, odkryli oni w jaskini liczne kości zwierząt (m.in. mamuta), szereg narzędzi kamiennych i ślady ognisk. Mając świadomość wartości stanowiska i własnej ignorancji zabezpieczyli znalezisko, które było następnie zbadane przez czołowych specjalistów ówczesnej Republiki Czechosłowackiej (Karel Absolon, Lubor Niederle). We współpracy z archeologami polskimi i francuskimi ustalili oni, że Jaskinia Prepoštská była zasiedlona przez paleolitycznych łowców, którzy urządzili w niej wielki i długo funkcjonujący warsztat produkcji narzędzi kamiennych.