Jesienią 1941, po aresztowaniach, jakie spadły na Stowarzyszenie Przyjaciół ZSRR, związał się ze Związkiem Walki Wyzwoleńczej. Pracował w jego Wydziale Wojskowym i tworzył w Warszawie lewicowe grupy zbrojne. Na początku 1942 wstąpił do Polskiej Partii Robotniczej (uczestniczył w jej zebraniu założycielskim) oraz do Gwardii Ludowej. Został pierwszym sekretarzem Komitetu Dzielnicowego PPR na Żoliborzu. Po utworzeniu Sztabu Głównego Gwardii Ludowej wszedł w jego skład; odpowiadał za sprawy zaopatrzenia i broni.
Należał do współorganizatorów akcji bojowych na terenie Warszawy, między innymi 30 listopada 1942 na Komunalną Kasę Oszczędności i 28 lutego 1943 na Państwową Wytwórnię Papierów Wartościowych. Podczas powstania w getcie warszawskim organizował dostawy broni dla bojowników Żydowskiej Organizacji Bojowej i uczestniczył w akcjach zdobywania broni na Niemcach. W czasie jednej z takich akcji na Żoliborzu 21 kwietnia 1943 został ciężko ranny, a następnie dobity przez Niemców.
28 grudnia 1945 Edward Bonisławski został odznaczony pośmiertnie Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari.