W kwietniu 1940 roku objął stanowisko komisarza Nowego Jorku.
Kariera wojskowa Po odejściu ze służby czynnej, Marcus był członkiem korpusu sędziów w Korpusie Rezerwowym. W 1940 roku otrzymał przydział jako oficer rezerwy do 27 Dywizji Piechoty Gwardii Narodowej. Był prawnikiem dywizji. Podczas manewrów wojskowych przeprowadzonych w 1941 roku w stanie Luizjana, Marcus dowodził jednostką sił specjalnych. Po japońskim ataku na Pearl Harbor w grudniu 1941 roku został powołany do służby czynnej. 27 Dywizja Piechoty została rozmieszczona na Hawajach. Marcus zorganizował tam szkołę wojskową, w której w ciągu roku wyszkolono ponad osiem tysięcy rekrutów. Na wiosnę 1943 roku Marcus został przeniesiony do Departamentu Obrony Stanów Zjednoczonych, gdzie objął kierownictwo nad wydziałem planowania cywilnego. Do jego zadań należało między innymi opracowywanie metod sprawowania władzy i struktur administracji wojskowej na terytoriach wyzwolonych spod okupacji państw Osi. Jako doradca wojskowy wziął udział we wszystkich najważniejszych konferencjach – konferencji w Kairze (1943 r,), konferencji w Teheranie (1943), konferencji w Jałcie (1945 r.) i konferencji w Poczdamie (1945 r.). Marcus pomógł sporządzić warunki kapitulacji Włoch i III Rzeszy. Przez cały ten czas Marcus starał się o przeniesienie do jednostek liniowych.