W marcu 1879 znalazł się w Krakowie i próbował nawiązać kontakt z uwięzionym bratem; sam jednak również został aresztowany. Przez kolejne jedenaście miesięcy przebywał w areszcie. Był sądzony w grupie ponad 30 socjalistów od 16 lutego do 16 kwietnia 1880 (proces krakowski). Bracia Waryńscy zostali uniewinnieni i wydaleni z Austro-Węgier. Stanisław ukończył wtedy studia na Uniwersytecie w Genewie, 22 grudnia 1885 roku otrzymał tytuł doktora medycyny. Był asystentem histologii na wydziale dentystycznym Uniwersytetu Genewskiego; pracował u profesorów Schiffa, Laskowskiego, Zahna, Fola i Vullieta.
Po ukończeniu studiów ożenił się z Julią z domu Chévalier. Mieli dwóch synów, Emile’a-Casimira, który zmarł w grudniu 1886 roku w wieku trzech miesięcyJournal de Genève 16.09.1886 s. 3, Journal de Genève 31.12.1886 s. 4 i Roberta-Eugène’a (ur. 1888)Journal de Genève 22.01.1888 s. 3.
Zły stan zdrowia zmusił Stanisława do porzucenia posady na uczelni i praktyki prywatnej. Zmarł na gruźlicę płuc w wieku 30 lat. Osobiste wspomnienie o zmarłym napisał Ludwik Straszewicz.