Pierwsze nabożeństwo w nowej świątyni miało miejsce 29 czerwca 1950.
Od 1950 zbór czynił działania zmierzające do odzyskania budynku plebanii, do czego doszło 23 października 1964, jednak ze względu na jej stan techniczny postanowiono o rozbiórce obiektu.
W czerwcu 1952 parafia zielonogórska powróciła pod administrację diecezji wrocławskiej.
W 1955 założony został chór parafialny, którym dyrygowała Małgorzata Łozińska. Występował zarówno podczas nabożeństw, jak i koncertował w pobliskich parafiach. Do jego rozwiązania doszło po 1961.
30 września 1960 sprawowanie stanowiska proboszcza zakończył ks. Zajączkowski. Nowym duszpasterzem został z dniem 1 października 1960 ks. Gustaw Broda, dojeżdżający początkowo ze Szczecina w wyniku problemów lokalowych. 17 lutego 1962 parafii zostały przydzielone przez miasto mieszkanie dla proboszcza. Ksiądz Broda pełnił urząd do 31 sierpnia 1965.