Ponadto krytycy Sergeja Staniszewa przywoływali kilka afer, w które zaangażowani byli członkowie jego rządu: naciski ministra skarbu Rumena Owczarowa na prokuratorów w celu znalezienia kompromitujących dokumentów na dyrektora państwowego zakładu produkującego papierosy oraz sprawę ministra spraw wewnętrznych Rumena Petkowa, który spotykał się z kryminalistami oraz nakazał zakładanie nielegalnych podsłuchów dziennikarzom i przeciwnikom politycznym. Po krytyce opozycji, a także przedstawicieli Unii Europejskiej, obaj politycy zostali usunięci z gabinetu.
W wyborach parlamentarnych w 2009 kierowani przez niego socjaliści zajęli drugie miejsce, przechodząc do opozycji. Sergej Staniszew nie został odwołany ze stanowiska przewodniczącego partii, pozostał członkiem parlamentu, utrzymując mandat również w 2013. W listopadzie 2011 został jednocześnie pełniącym obowiązki przewodniczącego Partii Europejskich Socjalistów, a na kongresie we wrześniu 2012 wybrano go na przewodniczącego PES. Stanowisko to zajmował do października 2022.
W 2014 Sergej Staniszew z ramienia Koalicji na rzecz Bułgarii uzyskał mandat eurodeputowanego VIII kadencji. W tym samym roku zakończył pełnienie funkcji przewodniczącego BSP.