Od połowy lat 60. przy pomocy Jana Olszewskiego organizował środowiskową kasę pomocy dla represjonowanych opozycjonistów oraz ich rodzin. Pierwszą znaczącą kwotą na potrzeby takiej akcji przekazał w 1965 Melchior Wańkowicz, zaś od 1968 Jan Józef Lipski otrzymywał wsparcie na ten cel ze strony Duszpasterstwa Miłosierdzia.
Po usunięciu w 1968 z Uniwersytetu Warszawskiego studentów Adama Michnika i Henryka Szlajfera, 2 marca wraz z Pawłem Jasienicą, Antonim Słonimskim, Jerzym Andrzejewskim, Mieczysławem Jastrunem, Jackiem Bocheńskim, Tadeuszem Konwickim i Melchiorem Wańkowiczem skierował do rektora uniwersytetu list w ich obronie.
Działalność w latach 70. Na początku 1974 na wniosek Jana Olszewskiego wraz ze Zbigniewem Herbertem, Edwardem Lipińskim, Władysławem Bartoszewskim, Antonim Słonimskim i Marią Ossowską występował do Rady Państwa PRL o ułaskawienie opozycjonistów skazanych w procesie organizacji Ruch. W grudniu 1975 był jednym z inicjatorów Listu 59 – protestu intelektualistów przeciw zmianom w Konstytucji PRL, zwłaszcza wpisaniu do niej kierowniczej roli PZPR i wieczystego sojuszu z ZSRR. Jan Józef Lipski współpracował również z Polskim Porozumieniem Niepodległościowym.