Na początku 2005 roku Bedoya odszedł do meksykańskiej Puebli. W Primera División de México zadebiutował 16 stycznia 2005 roku w przegranym 1:3 pojedynku z Cruz Azul. 23 stycznia 2005 roku w wygranym 5:2 spotkaniu z Atlasem zdobył swoją jedyną bramkę w Primera División de México. W Puebli spędził pół roku.
W połowie 2005 roku Bedoya wrócił do Kolumbii, gdzie został graczem klubu Atlético Nacional. W trakcie sezonu 2006 odszedł do Millonarios. Spędził tam 3,5 sezonu. W sezonie 2010 grał dla zespołów Envigado FC oraz Boyacá Chicó, a w 2011 roku przeszedł do Santa Fe.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Kolumbii Bedoya zadebiutował w 2000 roku. W tym samym roku został powołany do kadry na Złoty Puchar CONCACAF. Zagrał na nim w meczach z Jamajką (1:0) i Stanami Zjednoczonymi (2:2, 1:2 w rzutach karnych). W spotkaniu ze Stanami Zjednoczonymi otrzymał czerwoną kartkę, a także zdobył bramkę, który był jednocześnie jego pierwszym w drużynie narodowej. Tamten turniej Kolumbia zakończyła na 2. miejscu.
W 2001 roku Bedoya znalazł się w zespole na Copa América. Na tamtym turnieju, wygranym przez Kolumbię, wystąpił w pojedynkach z Ekwadorem (1:0), Chile (2:0), Peru (3:0), Hondurasem (2:0) i Meksykiem (1:0). W meczu z Hondurasem strzelił także gola.