John Theophilus Desaguliers był masonem. W 1719 roku został wybrany trzecim Wielkim Mistrzem, obejmując sukcesję po Georgeu Payne, a w 1723 i w 1725 roku zastępcą Wielkiego Mistrza w Wielkiej Loży Anglii. Zasłynął jako współautor pierwszej Konstytucji masońskiej, wydrukowanej 17 stycznia 1723 roku, skompilowanej na polecenie władz Wielkiej Loży przez jego przyjaciela Jamesa Andersona.
Desaguliers był kapłanem w Kościele Anglii. Dzięki patronatowi księcia Jamesa Brydgesa otrzymał w 1714 roku nominację, uprawniającą go do beneficjum kościoła Św. Wawrzyńca w Little Stanmore, a następnie w Middlesex. Jego obowiązki jako proboszcza łączyły się ze sprawowaniem funkcji kapelana księcia. Desaguliers dał się poznać jako niezbyt związany ze swoimi obowiązkami parafialnymi z powodu większego zainteresowani innymi sprawami, do tego stopnia, że książę skarżył się na nieuzasadnione opóźnienia w grzebaniu zmarłych. Jednakże pomimo poróżnienia się ze swym patronem, Desaguliers zachował beneficjum do końca swego życia.
Przez długi czas chorował na dnę moczową każdej zimy, zmarł po kilku miesiącach choroby w swym domu w Bedford Coffee House w Londynie w wieku 60 lat.