Jego zachowanie i postępowanie rozsierdziło innych bossów.
Późnym wieczorem 21 października 1964 Joe Bonanno został porwany przez dwóch napastników, gdy wychodził ze swojego auta przy Park Avenue. Za porwaniem stał jego krewny – Stefano (Steve) Magaddino, który pełnił rolę pośrednika między nim a członkami Komisji (mimo wszystko nie chcieli się go fizycznie pozbyć, gdyż uważali, że może to doprowadzić do krwawego konfliktu). W tym czasie pod nieobecność Bonanno przywództwo w grupie objął Gaspar DiGregorio, co z kolei doprowadziło do rozłamu w rodzinie. Jedni stanęli po jego stronie, inni zaś po stronie Billa Bonanno (syn Joego). I tak rozpoczął się ostry konflikt. Joe Bonanno – potajemnie – pertraktował z członkami Komisji. Zaproponował im, że odejdzie dobrowolnie na zasłużoną emeryturę, ale zażądał jednak tego, aby jego syn Bill pozostał nowym bossem rodziny. Na to nie mogła zgodzić się komisja (wiedzieli, że postawienie Billa na czele rodziny umożliwi Joemu zachowanie kierownictwa nad nią).