Prokuratura stwierdziła, że Kowalczyk złożył fałszywe zeznania przed prokuratorem, mówiąc, że nie przekazał informacji o planowanej akcji CBŚ przeciwko starachowickim samorządowcom i gangsterom wiceministrowi spraw wewnętrznych Zbigniewowi Sobotce, oraz że nie powiadomił prokuratury o przecieku informacji w tej sprawie. 13 marca 2006 Kowalczyk został uniewinniony w pierwszej instancji nieprawomocnym wyrokiem, sąd jednakże oparł swoje rozstrzygnięcie na ustaleniu, że obwiniony, przekazując informację, naruszył tajemnicę państwową, ale następnie nie miał obowiązku składać zeznań przeciw samemu sobie. Prokurator wniósł Apelację od wyroku Sądu Rejonowego. Sąd Okręgowy w Kielcach w toku jej rozpoznawania powziął wątpliwości i zwrócił się do Sądu Najwyższego o rozstrzygnięcie zagadnienia prawnego. Sąd Najwyższy, z uwagi na tajność dużej części postępowania, w tym uzasadnień wyroku Sądu Rejonowego, jak i apelacji prokuratora, a także treść postawionego pytania i zarzutów przedstawionych w apelacji, postanowił w dniu 20 grudnia 2006 przejąć sprawę do rozpoznania.