Afera korupcyjna FIFA Sepp Blatter jest głównym podejrzanym afery korupcyjnej w FIFA. Dotyczy ona m.in. łapówki w wysokości 1,5 miliona funtów dla Michela Platiniego oraz o podpisanie kontraktu, który był „niekorzystny dla FIFA”. Na początku października 2015 najwięksi sponsorzy w tym Coca-Cola oraz Visa żądały natychmiastowej dymisji przewodniczącego. Sam jednak odcina się od całej sprawy twierdząc, że „protestuje przeciwko byciu oskarżonym bez żadnych dowodów”. Jak stwierdził, jego natychmiastowa rezygnacja „zaszkodzi interesom FIFA oraz przeprowadzanym w niej reformom”. Sepp Blater krótko po majowych wyborach zrezygnował ze stanowiska, jednak postanowił, że odejdzie dopiero w lutym 2016. 21 grudnia 2015 został zawieszony przez FIFA na 8 lat za przekazanie znaczących środków finansowych innemu działaczowi UEFA Michelowi Platiniemu.
W lipcu 2022 roku został nieprawomocnie uniewinniony od zarzutów przez . Od których odwołała się prokuratura.
W marcu 2025 Joseph Blatter wraz Michelem Platinim zostali przez Federalny Apelacyjny Sąd Karny w szwajcarskim Muttenz ponownie uniewinnieni (prawomocnie) od zarzutów oszustwa finansowego.