W trakcie eksploatacji stracono pięć samolotów bojowych. Remontowi głównemu poddano 28 samolotów. Proces wycofywania z Sił Powietrznych rozpoczął się w 1996 r., mimo iż w większości wypadków samoloty posiadały resurs godzinowy sięgający kilkuset godzin (w większości do 500–600 h). Został jednak wyczerpany resurs kalendarzowy, określony przez producenta na 17 lat. Samoloty dwuosobowe miały nalot w większości przekraczający 1000 h, a rekordzistą był MiG-23UB o numerze bocznym 831 wyprodukowany 27.03.1982 z nalotem 1633 h. Egzemplarz ten wykonał 2757 lotów i został skasowany 17.03.1999. Średni nalot wyniósł ponad 1400 h w ramach 2700 lotów. Maszyny wymagały II remontu głównego, z którego zrezygnowano, uznając Floggera za samolot przestarzały, szczególnie w perspektywie przystąpienia do NATO. Ostatnie egzemplarze spisano ze stanu pułku w 1999 r.
Wersje MiG-23S – jednomiejscowy samolot myśliwski napędzany silnikiem R-27 MiG-23SM – wersja o dodatkowych zamkach pod skrzydłami MiG-23M – wersja z 1975 wyposażona w silnik R-29 i lepszą awionikę MiG-23MS – wersja M, zubożona, eksportowana do państw arabskich (m.in.