Na początku wojny przebywał w opactwie św. Wandrille’a z Fontenelle, gdzie na Boże Narodzenie 1939 r. został przyjęty do Kościoła katolickiego. Następnie uczył francuskiego, łaciny i greki w Juilly k. Paryża, w liceum zgromadzenia oratorianów francuskich. W 1942 r. został członkiem zgromadzenia. Nowicjat odbył we Fryburgu Szwajcarskim, potem studia w Institut Catholique w Paryżu. Święcenia kapłańskie przyjął 25 marca 1944 roku, w wieku 31 lat.
Po wojnie, opublikował swą pierwszą książkę Misterium paschalne, która od razu zyskała rozgłos międzynarodowyWydanie polskie: Kraków, Znak 1973.. W Institut Catholique obronił doktorat na temat monastycyzmu egipskiego, będący analizą Żywota św. Antoniego Atanazego Wielkiego. Wielokrotnie przebywał w Anglii, zwłaszcza w oratorium w Birmingham, by studiować myśl Johna Henriego Newmana. Spotykał Thomasa S. Eliota, Johna R.R. Tolkiena, wówczas profesora literatury średniowiecznej w Merton College w Oksfordzie. Nawiązał też przyjaźń literacką z Julienem Greenem, amerykańskim pisarzem francuskiego pochodzenia, który wielokrotnie w swym Dzienniku wspomina Bouyera. W Paryżu współpracował z czasopismem „La Maison-Dieu” i prowadził wykłady o Słowie Bożym w Institut Catholique, wydane następnie jako książka La Bible e l'Évangile.