W grudniu 1997 roku Kuria diecezji zielonogórsko-gorzowskiej przekazała kościół przyszpitalny pw. Świętego Krzyża na obrzeżach Żagania, zbyt oddalony od koszar i osiedli wojskowych. Gdy bp Adam Dyczkowski uznał, że ten kościół nie może zaspokoić potrzeb duszpasterskich wojska, zawiesił wydaną decyzję i zezwolił na dalsze odprawianie jednej mszy św. w niedzielę i święta w kościele pw. św. Piotra i Pawła. W maju 1999 roku rozpoczęto generalny remont kościoła. W 2000 roku ukończono remont.
13 stycznia 2001 roku biskup polowy Wojska Polskiego dokonał poświęcenia krzyża i placu pod budowę nowego kościoła garnizonowego przy ul. Żarskiej na osiedlu XXX-lecia. Jesienią 2001 roku rozpoczęto budowę kościoła i plebanii. 24 marca 2002 roku bp polowy WP Sławoj Leszek Głódź dokonał wmurowania kamienia węgielnego i poświęcenia murów kościoła. 20 czerwca 2004 roku bp Sławoj Leszek Głódź dokonał konsekracji kościoła garnizonowego w Żaganiu. Na placu przed kościołem znajduje się kaplica Matki Bożej. Nad kościołem góruje krzyż z 1845 roku pochodzący z wieży ewangelickiego kościoła łaski. Odrestaurowany został przez 11 Batalion Remontowy i podarowany przez władze miasta dla parafii.
Proboszczowie parafii Źródło: . zagan.strony-parafialne.pl [dostęp 2019-09-19]Proboszczowie