6 listopada 1541 r. księżna odbyła rozmowę ze swym pasierbem Thomasem Howardem, z której wynikało, że Katarzynie nie stanie się krzywda. Agnes twierdziła, że jeśli cokolwiek pomiędzy Katarzyną a Francisem wydarzyło się pod jej dachem, to odbyło się to przed królewskim ślubem i nikt nie powinien za to umrzeć.
8 grudnia 1541 r. osadzono w Tower najstarszego syna Agnes - Williama - i jego żonę. 9 grudnia 1541 r. aresztowano samą Agnes i jedną z jej córek – Catherine. Uwięziono także niektórych pasierbów księżnej i ich żony. Powodem aresztowania Agnes i jej krewnych było zatajenie zdrady, której dokonała królowa. 22 grudnia 1541 r. Agnes i jej najbliżsi zostali uznani za winnych nieujawnienia zdrady Katarzyny Howard a także podżegania do niej. Agnes skazano na więzienie i konfiskatę majątku.
Królową Katarzynę oraz jej dwóch kochanków stracono. Agnes została uwolniona w maju 1542 r. Zmarła 3 lata później.
Ze związku z Thomasem Howardem urodziła co najmniej 11 dzieci, z czego 6 przeżyło dzieciństwo:
William Howard, 1.