Misja Instytut Tertio Millennio, założony w 1995 roku w Warszawie, jest wynikiem inspiracji płynącej z wizyty Jana Pawła II w Polsce w 1991 roku. Moment, w którym papież wygłosił przemówienie do młodzieży na Placu Zwycięstwa, stał się kluczowym punktem zwrotnym dla inicjatorów instytutu. Papież wzywał młodzież do aktywnego uczestnictwa w budowaniu cywilizacji miłości i prawdy w nadchodzącym tysiącleciu. Ta idea zrodziła w umysłach polskich intelektualistów i działaczy społecznych chęć stworzenia instytucji, która realizowałaby tę wizję i wartości.
Założenie instytutu przez dominikanina Macieja Ziębę OP było również związane z ogłoszeniem w 1994 roku przez Jana Pawła II listu Tertio millennio adveniente. W tym dokumencie papież sformułował wezwanie do przygotowania na czas Wielkiego Jubileuszu Roku 2000, które przez twórców Instytutu zostało odczytane jako zachęta do dalszych działań.Instytut, organizując seminaria, konferencje czy warsztaty, stał się miejscem dyskusji na temat roli religii w nowoczesnym świecie, łącząc w sobie różne tradycje i systemy myślowe, co było wizją zgodną z nauczaniem papieża. Rozważania na temat wyzwań, przed którymi stoi współczesna Europa, a także roli, jaką w tych wyzwaniach mogą odegrać wartości chrześcijańskie, stały się kluczowym elementem działalności Instytutu.