W 1806 roku objął stanowisko sekretarza diecezji Arequipa i prefekta alumnów w miejscowym seminarium duchownym.
Trzy lata później towarzyszył biskupowi Rosa Chavezowi w jego podróży na Półwysep Iberyjski, gdzie zaoberwował nieudolność monarchii hiszpańskiej oraz opór miejscowej ludności walczącej z inwazją francuską Napoleona Bonapartego. Wziął ponadto udział w obradach Kortezów w Kadyksie. W tym czasie ostatecznie ukształtowały się jego poglądy republikańskie i liberalne. W 1812 roku wrócił do Ameryki Południowej, gdzie podjął pracę w kurii metropolitarnej, którą dzielił z pracą naukową, ponieważ był rektorem Kolegium Medycznego w San Fernando.
Działalność polityczna Po proklamacji niepodległości Peru w lipcu 1821 roku zaangażował się w działalność patriotyczną, przekonując księży do konieczności wspierania dążeń niepodległościowych Peruwiańczyków. W tym celu założył w grudniu tego samego roku Zakon Słońca oraz wstąpił do Towarzystwa Patriotycznego, stworzonego w celu właściwego zarządzania krajem.