Ponadto prowadził misję ewangelizacyjną wśród indiańskiego plemienia Araukanów.
Wiele uwagi poświęcił miejscowemu seminarium duchownemu do którego w 1724 roku sprowadził jezuitów, którzy zajęli się działalnością dydaktyczno-wychowawczą młodych alumnów, które wkrótce potem opuściło pierwszych 40 absolwentów. Dbał także o rozwój zakonów sprowadzając z Limy trynitarzy.
8 lipca 1730 roku na obszarze Chile miało miejsce trzęsienie ziemi, w wyniku którego śmierć poniosło wiele osób, a uszkodzeniu i zniszczeniu uległo wiele miejscowości. Biskup Juan Francisco prowadził działalność charytatywną na rzecz poszkodowanych, udzielając im wsparcia materialnego z własnych środków pieniężnychA. Barros, Historia de Chile, t. 6. Santiago de Chile 1886, s. 68..
Rok później – 18 czerwca 1731, został przeniesiony przez papieża Klemensa XII na biskupstwo w Quito. Nie zdołał objąć jednak swojej nowej diecezji, ponieważ w trakcie podróży do Ekwadoru otrzymał nowe polecenie od Stolicy Apostolskiej przejęcia funkcji arcybiskupa metropolity limskiego i prymasa Peru 13 lutego 1732 roku.