W przeciwieństwie do pełnego szyfrowania dysku, szyfrowanie na poziomie systemu plików najczęściej nie obejmuje metadanych systemu plików takich jak struktura katalogów, nazwy plików, czasy dostępu i modyfikacji plików oraz ich rozmiary.
Pełne szyfrowanie dysku i Trusted Platform Module Trusted Platform Module (TPM) to dedykowany układ mikroprocesorowy do przeprowadzania operacji kryptograficznych, osadzony w obudowie z wieloma środkami bezpieczeństwa fizycznego, które nadają mu pewien stopień odporności na fizyczne manipulacje. Jeżeli jest wbudowany w płytę główną, może być użyty do uwierzytelniania urządzenia sprzętowego. Ponieważ każdy układ TPM jest unikatowy, dla konkretnego urządzenia może być użyty do identyfikacji platformy sprzętowej – to pozwala upewnić się, że system, który próbuje uzyskać dostęp do danych, jest uprawnionym systemem.
Ograniczona liczba rozwiązań do pełnego szyfrowania dysku ma wsparcie dla modułów TPM. Te rozwiązania potrafią powiązać klucz deszyfrujący z modułem TPM i tym samym powiązać dysk twardy z konkretnym urządzeniem. Jeżeli dysk twardy zostanie usunięty z tego konkretnego urządzenia i umieszczony w innym, proces deszyfrowania się nie powiedzie.