Po sześciu latach sprawowania przez Nikona urzędu jego relacje z Aleksym I uległy znacznemu pogorszeniu. Nikon usunął się wówczas z życia publicznego i zamieszkał w ufundowanym przez siebie monasterze Nowy Jeruzalem. W 1666 został formalnie pozbawiony godności patriarszej i biskupiej i skazany na zesłanie do Monasteru Terapontowskiego, następnie do Monasteru Cyrylo-Biełozierskiego. Po śmierci Aleksego I jego następca Fiodor III Romanow umożliwił Nikonowi powrót do Moskwy i planował ponowne obsadzenie go na tronie patriarszym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Schorowany duchowny zmarł jednak w drodze.
Życiorys Młodość O najwcześniejszych latach życia Nikona wiadomo niewiele. Jedyne informacje na ten temat pochodzą z Żywota spisanego przez wieloletniego hipodiakona patriarchy, Iwana Szuszerina. Według niego Nikon urodził się w ubogiej, ale bardzo pobożnej rodzinie chłopskiej we wsi Wieldiemianowo k. Niżnego Nowogrodu. Na chrzcie otrzymał imię Nikita na cześć św. Nikity Słupnika. Jego rodzice nosili imiona Mina i Mariana. Ich nazwisko pojawia się natomiast w literaturze w wersjach Minow, Minin lub Minin-Łarionow.