Co szesnasty worek mielonego w młynie zboża przypadał miastu jako danina. W przypadku oblężenia miasta i odcięcia dopływu wody używano zapasowych żaren napędzanych końmi.
W 1836 młyn wydzierżawił radca Jakub Witt, który zmodernizował jedną stronę młyna do produkcji mąki na wzór amerykański, poprzez m.in. zamontowanie w nim taśmociągu. W 1880 młyn otrzymał nowoczesny napęd turbinowy (turbiny wodne). Ten napęd zachował się aż do zniszczenia w 1945Trójmiasto. Wyborcza, 19 maja 2017, str. 7, prof. Andrzej Januszajtis, Jeszcze o Wielkim Młynie. W 1937 dokonano wymiany dachu, a ponadto wymurowano na nowo komin. Młyn pozostawał w użyciu aż do końca II wojny światowej, gdy został częściowo zniszczony; jeszcze w 1939 produkował do 200 ton mąki dziennie.
Po wojnie roku został odbudowany w latach 60. (obiekt jest w 80% autentyczny), z przeznaczeniem na dom kultury Stoczni Gdańskiej, której to funkcji jednak nie pełnił. Następnie organizowano w nim wystawy, wykorzystywano na cele magazynowe, dyskotekę, miejsce spektakli teatralnych i targów branży stoczniowej. Do 1992 działały w nim Pewex i salon gier. W 1991 roku przeprowadzono w nim badania archeologiczne.