Głównym celem badań jest wskrzeszenie księcia Saksonii Henryka I Ptasznika, który tysiąc lat wcześniej, przez kontakt z ciemnymi mocami, stał się nieśmiertelny i razem ze swoją hordą rozpoczął w środkowej Europie kampanię terroru, trwającą do 943 roku, kiedy to mag zwany Szymonem Wędrowcem zesłał go do otchłani. Naziści chcą ożywić księcia Henryka i wykorzystać jego nadludzkie moce do własnych podbojów.
Amerykański agent polskiego pochodzenia, Wiliam „B.J.” Blazkowicz, pracownik fikcyjnej agencji Office of Secret Actions (OSA), zostaje wysłany do zamku Wolfenstein w środkowych Niemczech, gdzie stacjonuje namierzona przez brytyjskie służby ekipa badawcza SS, jednak wraz ze swoim współpracownikiem, Agentem Jeden, zostaje zdemaskowany i trafia do jednej z cel zamku. Dzięki swojemu wyszkoleniu udaje mu się uciec i nawiązać kontakt z niejakim Kesslerem, członkiem lokalnego antyfaszystowskiego ruchu oporu, działającego pod kryptonimem Krąg z Krzyżowej, który wskazuje mu ruiny cmentarnej kaplicy i znajdujące się pod nim katakumby jako miejsce wykopalisk archeologicznych. Po zejściu pod ziemię do okazuje się, że na skutek ingerencji niemieckich badaczy w podziemnych grobowcach, niektóre z pochowanych tam ciał ożyły i zaczęły atakować personel naukowy oraz ochraniających go żołnierzy.