W czasach Państwa krzyżackiego oprócz czynszu pieniężnego wieś dostarczała również dwie kury rocznie. Wraz z „Przywilejami elbląskimi” z 1454 roku w trakcie Wojny trzynastoletniej wieś zostaje nadana Gdańskowi. Wieś Mygowo należąca do Gdańskiej Wyżyny terytorium miasta Gdańska położona była w drugiej połowie XVI wieku w województwie pomorskimMapy województwa pomorskiego w drugiej połowie XVI w.: rozmieszczenie własności ziemskiej, sieć parafialna / Marian Biskup, Andrzej Tomczak. Toruń 1955, s. 128..
W XVII w za sprawą gdańskiego mieszczanina Henricha Kortzfleischa powstaje we wsi przedsiębiorstwo oczyszczania wosku. W 1707 roku w ramach tzw. III wojny północnej w okolicach wsi biwakowały oddziały rosyjskie, które spustoszyły wieś i częściowo ją spaliły.
Na koniec roku 1892 wieś zamieszkiwało 112 osób, 57 Kaszubów (48 katolików i 9 ewangelików) oraz 55 Niemców (15 katolików i 40 ewangelików). W 1922 roku następuje parcelacja majątku. W tym okresie pojawia się polski egzonim MygowoP31-S27-E_GDANSK_1938.jpg. W: Mapster: WIG – Mapa Szczegółowa Polski