Cieszył się zaufaniem króla, który pytał go o zdanie w różnych sprawach. Pytany o wojnę wszczętą przeciwko mistrzowi inflanckiemu, opowiedział się w lipcu 1556 r. za jej prowadzeniem. Na wypadek ewentualnego zagrożenia granic Wielkopolski przez posiłki idące do Inflant z Niemiec, prosił władcę o zezwolenie na powołanie szlachty pod broń. W zatargu z papieżem o nominację Jakuba Uchańskiego na biskupstwo włocławskie, radził w 1558 r. umiar i skierowanie sprawy pod obrady publiczne, dzieląc zdanie większości senatorów.
Jan Janusz Kościelecki był jednym z głównych przeciwników ruchu egzekucyjnego. Na sejmie piotrkowskim w 1563–1564 r. krytykował wcześniejsze postanowienia egzekucyjne. Na tym sejmie skarżono się na Kościeleckiego, że chociaż winien być stróżem praw i wolności szlacheckich, sam szlachcie dobra odbiera, z posiadanych wygania i dobra jako swoje trzyma. Król nakazał mu zwrot zabranych wsi, odmówił zwrotu wydatków na odbudowę zamku w Drahimiu, a przeprowadzona wtedy rewizja zapisów na królewszczyźnie uznała, że poważne sumy, jakie bracia Kościeleccy mieli na Bydgoszczy i Nakle, są wątpliwe.