Zagadnienia metodologiczne w naukach medycznych zaczęli wówczas pod wpływem Chałubińskiego podnosić uczeni uniwersyteccy (Feliks Nawrocki) i lekarze praktycy (Ignacy Baranowski i Henryk Nusbaum). Ówczesną filozofię medycyny można traktować także jako antymetafizyczną reakcję pozytywistyczną i specyficzną filozofię przyrody. Głównymi postaciami tego nurtu filozofii medycyny byli Henryk Fryderyk Hoyer i Wiktor Feliks SzokalskiJ. Zamojski, Dlaczego wciąż warto badać polską myśl filozoficzno-lekarską, [w:] Polska szkoła filozofii medycyny. Przedstawiciele i wybrane teksty źródłowe, pod redakcją Michała Musielaka i Jana Zamojskiego, Wydawnictwo Naukowe Uniwersytetu Medycznego im. K. Marcinkowskiego w Poznaniu, Poznań 2010, s. 11..
„Średnia” szkoła filozofii medycyny Był to okres najbardziej reprezentatywny, obfitujący w nowe idee i dzieła, często utożsamiany z całą polską szkołą filozofii medycyny. Najwybitniejszy jej przedstawiciel Władysław Biegański ten okres uznawał za najlepszą część polskiej myśli medycznej w ogóle i za zjawisko na skalę europejską, którego znaczenie podkreślali tacy wybitni uczeni jak: Max Neuburger i Henry Sigerist. Cechą najbardziej charakterystyczną „średniej” szkoły filozofii medycyny było rozpatrywanie medycyny w dialogu z filozofią nauki i filozofią przyrody.