W wyniku konfliktu pomiędzy Stanami Zjednoczonymi a Republiką Francuską w latach 1798–1800 przedsiębiorstwo Setonów podupadło i w rezultacie William Seton musiał ogłosić bankructwo. To pogorszyło stan zdrowotny Wiliama, który chorował na gruźlicę. Szukając lepszych warunków życia oraz możliwości ratowania zdrowia Wiliama w 1803 roku małżonkowie razem z najstarszą córką postanowili wyjechać z kraju. Wybór padł na włoskie miasto Livorno, gdzie mieszkali jego przyjaciele, włoscy kupcy bracia Antonio i Filippo Filicchi. Po przyjeździe rodzina została poddana kwarantannie w związku z występowaniem żółtej febry w Nowym Jorku. Wkrótce potem, 27 grudnia 1803 rouk, Wiliam zmarł.
Śmierć męża oraz czas spędzony w katolickich Włoszech silnie zapisały się w psychice Elżbiety, co zaowocowało podjęciem przez nią decyzji o jej przejściu na katolicyzm. Oficjalnie Elżbieta przyjęła wyznanie katolickie 14 marca 1805 roku w nowojorskim kościele św. Piotra na Manhattanie. W tym czasie Elżbieta zajmowała się prowadzeniem szkoły dla dziewcząt, nauczaniem, a następnie prowadzeniem pensjonatu dla uczniów.