Ukształtowanie poziome Honduras cechuje dobrze rozwinięta linia brzegowa. Wybrzeże pacyficzne należące do Hondurasu to wdzierająca się w głąb lądu zatoka Fonseca, z licznymi półwyspami, zatoczkami i przylądkami. Północne wybrzeże kraju także jest urozmaicone, występują tam liczne mierzeje i małe zatoki. We wschodniej części północnego wybrzeża – Wybrzeże Moskitów leży zatoka zwana Laguna Caratasca, która prawie zamknięta jest mierzeją. W głębi tej mierzei znajduje się kilka niewielkich wysp. Do Hondurasu należy też, leżąca około 70 km od brzegu, grupa Wysp Bahia. Wybrzeże jest niskie, na północy w większości namorzynowe, z odcinkami plaż.
Budowa geologiczna thumb|250px|Krajobraz południowego Hondurasu Największą część kraju stanowi system gór należących do Kordylierów. Północna część kraju zbudowana jest z łańcuchów górskich, które ukształtowały się w czasie orogenezy alpejskiej. Obszar ten zbudowany jest z wielu różnych skał, pochodzących z różnego wieku. Występują tam paleozoiczne skały magmowe i metamorficzne, mezozoiczne skały osadowe, a poza nimi obszar gór tworzą pochodzące z trzeciorzędu wulkanity. Przebieg struktur jest równoleżnikowy. Południowa część kraju to obszar górski, gdzie występują pochodzące z trzeciorzędu skały wulkaniczne. Honduras o konkretnie jego południowa część jest aktywna wulkanicznie.