Głosowanie miało odbyć się na terenie całego Sudanu.
1 listopada 2009 prezydent Sudanu Południowego Salva Kiir Mayardit po raz pierwszy w zdecydowany sposób opowiedział się za secesją prowincji. Stwierdzając, że władze uszanują każdy wybór obywateli, oznajmił, iż głosowanie za jednością będzie oznaczać dla mieszkańców Sudanu Południowego bycie obywatelami drugiej kategorii we własnym państwie, natomiast głosowanie za secesją zapewni im wolność w niepodległym kraju.
13 grudnia 2009 prezydent Sudanu Umar al-Baszir i prezydent Sudanu Południowego Salva Kiir Mayardit, w czasie posiedzenia rządu centralnego, przyjęli projekt Ustawy w sprawie Referendum w Sudanie Południowym (Southern Sudan Referendum Act 2009). 29 grudnia 2009 ustawę przyjęło Zgromadzenie Narodowe. Weszła ona życie w dniu podpisania przez prezydenta al-Baszira 31 grudnia 2009.
Ustawa w sprawie Referendum w Sudanie Południowym thumb|200px|Flaga Sudanu Południowego Przyjęta przez parlament i podpisana przez prezydenta w grudniu 2009 Ustawa w sprawie Referendum w Sudanie Południowym określała ramy prawne i zasady organizacji głosowania.