Latem 1988 López Rekarte przeszedł z Realu Sociedad do FC Barcelona, prowadzonej przez Johana Cruyffa. W Barcelonie swój debiut zanotował 2 września 1988 w meczu z Espanyolem Barcelona (2:0). W sezonie 1988/1989 dotarł z Barceloną do finału Pucharu Zdobywców Pucharów. W nim, rozegranym przeciwko Sampdorii (2:0), zagrał w pierwszym składzie i zdobył gola ustalającego wynik spotkania na 2:0 dla Barcelony. W 1990 roku zdobył z Barceloną Puchar Króla, a w 1991 roku wywalczył swoje jedyne w karierze mistrzostwo kraju.
W 1991 roku López Rekarte odszedł z Barcelony do Deportivo La Coruña, w którym zadebiutował 30 sierpnia 1991 w meczu z Valencią (1:2). W 1995 roku zdobył z Deportivo swój trzeci Puchar Króla, a następnie także Superpuchar Hiszpanii. W 1996 roku przeszedł do drugoligowego RCD Mallorca, w którym po sezonie gry zakończył karierę.