Planując cmentarz, zakładano, że będzie on przeznaczony głównie dla parafii kościoła Świętego Krzyża oraz szpitali św. Rocha i św. Kazimierza. Przełom nastąpił w 1788, gdy na cmentarzu Świętokrzyskim pochowano biskupa smoleńskiego Gabriela Wodzińskiego. Był to pochówek na wyraźne życzenie zmarłego, który wprost oświadczył, że chce być pochowany na cmentarzu „w polu”. To wydarzenie przełamało niechęć ludności do nowej nekropolii. Nisko położony cmentarz był jednak zalewany wodą.
Po III rozbiorze Polski władze pruskie wydały oficjalny zakaz dokonywania pochówków na cmentarzach na terenie miasta, zarówno na terenach przykościelnych, jak i w samych świątyniach. Sprawiło to, że mieszkańcy stolicy nie mieli wyboru i niejako byli zmuszeni do grzebania bliskich na Koszykach. Zmarłych chowano zarówno w grobach ziemnych, jak i w katakumbach, w sumie pogrzebano tam ok. 130.000 osób. Cmentarz szybko zapełnił się i już ok. 1820 był praktycznie przepełniony. Dla nowych pochówków zamknięto go 29 lipca 1831, a całkowicie 17 marca 1836. Dość szybko nekropolia popadła w zapomnienie, już w 1851 zaczęły się rozpadać katakumby. W związku z tym w kwietniu 1859 władze podjęły decyzję o likwidacji nekropolii. Rodzinom pogrzebanych zezwolono na ekshumację szczątków bliskich i przeniesienie ich na cmentarz Powązkowski w terminie do 1 stycznia 1860.