Muzyka w kościele thumb|242px|Pomnik Bacha przed kościołem W kościele dają regularne koncerty chór św. Tomasza i Orkiestra Gewandhaus: w piątki o 18.00, w soboty o 15.00 i w niedziele o 9.30 podczas nabożeństw. Przy specjalnych okazjach i podczas świąt wykonywane są przeważnie dzieła Johanna Sebastiana Bacha i Felixa Mendelssohna.
W kościele miało miejsce wiele prawykonań dzieł Johanna Sebastiana Bacha. Mendelssohnowi zawdzięcza muzyka Bacha swój wielki powrót na sceny koncertowe, ponieważ po śmierci twórcy pozostawała ona praktycznie nieznana szerszej publiczności. Wielkim sukcesem stało się wykonanie w 1829 pod kierunkiem Mendelssohna Pasji według św. Mateusza Bacha; było to pierwsze wykonanie tego utworu od śmierci kompozytora. Wspomniany koncert zapoczątkował trwające do dzisiaj zainteresowanie muzyką Bacha oraz przyczynił się do powiększenia sławy samego Mendelssohna, którego druga symfonia, Lobgesang miała swoje prawykonanie również w kościele św. Tomasza.
Stowarzyszenie Thomaskirche-Bach 2000 e.V. Stowarzyszenie Thomaskirche-Bach 2000 e.V. zostało powołane do życia w 1997 z inicjatywy Johannesa Richtera. Od tamtego czasu wsparło ono parafię św. Tomasza kwotą 5,5 miliona euro. Stowarzyszenie liczy ponad 300 członków na całym świecie.
Celem stowarzyszenia jest: