Eparchia dzieli się na dekanaty: aczyński, berezowski, krasnojarski miejski, krasnojarski okręgowy, minusiński, nazarowski i szarypowski (informacje na stronie eparchii). Ponadto podlegają jej następujące klasztory (informacje na stronie eparchii): Monaster Wniebowstąpienia Pańskiego w Koczerginie, żeński Monaster Zwiastowania w Krasnojarsku, żeński Monaster Zaśnięcia Matki Bożej w Krasnojarsku, męski
Biskupi Biskupami krasnojarskimi w okresie istnienia eparchii byliWykaz biskupów : Nikodem (Kazancew), 1861–1870 Paweł (Popow), 1870–1873 Antoni (Nikołajewski), 1873–1881 Izaak (Położenski), 1881–1886 Tichon (Troicki-Doniebin), 1886–1892 Aleksander (Bogdanow), 1892–1894 Akakiusz (Zaklinski), 1894–1898 Eutymiusz (Sczastniew), 1898–1913 Nikon (Biessonow), 1913–1917 Nazariusz (Andriejew), 1918–1922 Amfilochiusz (Skworcow), 1925Священномученик Амфилохий, епископ Енисейский Nikon (Diegtarienko), 1927–1928 Melchizedek (Pajewski), 1928–1931 (według innej wersji: ponownie Amfilochiusz (Skworcow), 1929–1930) Paweł (Pawłowski),