Po roku spędzonym na stypendium habilitacyjnym w Rzymie otrzymał pracę w Urzędzie Konserwatorskim w Splicie. Jednocześnie publikował wiersze oraz przekłady, m.in. Baudelaire’a, Verlaine’a, Andersena, Ibsena, a także Mickiewicza, Słowackiego, Krasińskiego, Wyspiańskiego i Fredry.
Pod koniec I wojny znalazł się w Tomsku, gdzie napisał habilitację o graficznych zbiorach rodziny Stroganowych (1919) przyjętą na miejscowym uniwersytecie.
W latach 1920–1924 Molè wykładał historię sztuki starożytnej i bizantyńskiej na Uniwersytecie w Lublanie. Od 1925 do 1960 roku (z przerwą w czasie II wojny) był profesorem historii sztuki na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie, początkowo w ramach Studium Słowiańskiego na Wydziale Filologicznym, a od roku 1950 w ramach Zakładu, a następnie Instytutu Historii Sztuki, którego był dyrektorem w latach 1956–1960. Członek PAU, PAN, Słoweńskiej Akademii Nauk oraz m.in. Instytutu Archeologicznego im. P.N. Kondakowa w Pradze. Brał czynny udział w kongresach bizantynologicznych w Belgradzie (1929) i w Sofii (1934).
Od 11 kwietnia 1917 był mężem Elli Brummer (1889–1975), która była tłumaczką literatury słoweńskiej na język polski. Mieli dwoje dzieci: Mariana (1924–1963), doktora filologii UJ, iranistę, oraz Jadwigę po mężu Bajer (ur.