Wówczas napisał i obronił rozprawę „O stanowisku przewodniczącego w sądzie przysięgłych” (1867), otrzymał stopień doktora prawa, a kilka dni potem uzyskał nominację na profesora nadzwyczajnego Uniwersytetu Warszawskiego. W Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim (powstałym po likwidacji SGW w 1869) powierzono Miklaszewskiemu wykłady z ustroju sądów i postępowania karnego. Na profesora zwyczajnego awansował dopiero po kilkunastu latach (w 1885), gdyż władze rosyjskie podejrzewały go o głoszenie z katedry propolskich poglądów. W latach 1881, 1884 i 1887 sprawował Miklaszewski ponadto obowiązki sędziego uniwersyteckiego. 15 marca 1895 został przedwcześnie przeniesiony w stan spoczynku, otrzymując kilka miesięcy wcześniej tytuł profesora zasłużonego. W 1885 Miklaszewski ogłosił drukiem obszerny „Wykład postępowania cywilnego rzymskiego”. Było to pierwsze osobne opracowanie tego przedmiotu w romanistyce polskiej.
Od 1873, jako jeden z założycieli „Gazety Sądowej Warszawskiej”, kierował jej działem karnym, a do 1889 faktycznie całością prac redakcyjnych. Publikował na łamach „GSW” wiele artykułów i sprawozdań.