Po zamachach z 11 września 2001 roku wyrażał sceptycyzm wobec rozszerzania uprawnień policji w zakresie zatrzymań oraz przyczynił się do odrzucenia republikańskiego projektu ustawy nakładającej na uczelnie obowiązek zwiększonego raportowania informacji o studentach zagranicznych.
13 września 2005 roku Marco Rubio został wybrany na przewodniczącego Izby Reprezentantów stanu Floryda po tym, jak reprezentanci Dennis Baxley, Jeff Kottkamp i Dennis A. Ross wycofali się z wyścigu o nominację. Rubio zaprzysiężony został dopiero w listopadzie 2006 roku, stając się tym samym pierwszym Amerykaninem kubańskiego pochodzenia pełniącym tę funkcję.
Wybory do Senatu Stanów Zjednoczonych mały|310x310px|Marco Rubio w 2015 roku
2010 5 maja 2009 roku Rubio ogłosił, że ubiega się o miejsce w Senacie Stanów Zjednoczonych, zwolnione przez Mela Martíneza, który zrezygnował z ubiegania się o reelekcję i zrezygnował przed zakończeniem kadencji. Przed oficjalnym rozpoczęciem kampanii Rubio spotykał się z darczyńcami oraz zwolennikami w całym stanie Floryda. Początkowo przegrywając dwucyfrową liczbą głosów w prawyborach z urzędującym gubernatorem swojej partii, Charliem Cristem, Rubio ostatecznie prześcignął Crista w sondażach.