6 procent ofiar mordu w Winnicy (560 osób) mogło być narodowości polskiej.
Ofiary zbrodni były zabijane na terenie więzienia NKWD w Winnicy za pomocą strzałów w tył głowy; stosowano do tego amunicję kalibru 5,6 mm, która nie zawsze powodowała natychmiastową śmierć ofiar. Do większości ofiar strzelano dwa razy, do 78 trzy razy, a do dwóch cztery razy. Zwłoki mężczyzn odnalezionych w Winnicy miały skrępowane ręce; starsze kobiety były ubrane, a młodsze nagie. 395 ofiar miało roztrzaskane czaszki.
Egzekucje miały charakter tajny – krewnych ofiar nie informowano o wydanych wyrokach śmierci, a na zapytania rodzin władze odpowiadały, że aresztowani zmarli z przyczyn naturalnych, zostali zesłani bez prawa korespondencji na daleką północ lub przeniesieni do innych więzień. Dokumenty osobiste rozstrzelanych i akta śledztw w ich sprawach nie zostały zarchiwizowane, lecz zakopane w osobnym dole wśród masowych mogił.