Nawiązane zostały kontakty z białoruskimi politykami, przy czym ZPB wyraźnie sympatyzował (pomimo początkowych napięć) z demokratyczno-niepodległościowym Białoruskim Frontem NarodowymGawin T., Polskie odrodzenie na Białorusi 1988-2005, Białystok 2010, s. 143–230..
W lipcu 2000 roku prezesem został Tadeusz Kruczkowski, który zerwał współpracę z organizacjami opozycyjnymi. Uważał, że ekipa Gawina niepotrzebnie zmieniła stowarzyszenie społeczne w antyrządowe ugrupowanie polityczne. Nie uchroniło to jednak związku od szykan ze strony władz, a wewnątrz organizacji wystąpiły spory pomiędzy prezesem i jego poprzednikiem, które doprowadziły do zmniejszenia dotacji na Związek Polaków ze strony Polski.
W sierpniu 2003 roku białoruskie Ministerstwo Sprawiedliwości poinformowało Związek Polaków na Białorusi, że posiada wystarczające podstawy, aby rozpocząć proces jego likwidacji.
Organizacji zarzuca się, że wiele dokumentów nie jest tłumaczonych na język białoruski lub rosyjski oraz działają w niej niezarejestrowane struktury.