W 2002 roku Cañas awansował do finałów w Casablance i Stuttgarcie, a także wygrał turniej w Ćennaju i zawody z cyklu ATP Masters Series w Toronto. Pokonał w drodze po tytuł Rogera Federera, Jewgienija Kafielnikowa, Marata Safina, Tommy’ego Haasa i w finale Andy’ego Roddicka. Ponadto osiągnął po raz pierwszy ćwierćfinał w turnieju wielkoszlemowym, podczas Rolanda Garrosa eliminując m.in. Carlosa Moyę i Lleytona Hewitta, a poniósł porażkę z późniejszym zwycięzcą Albertem Costą.
Kolejna kontuzja przerwała karierę Cañasa w 2003 roku. Nie występował od marca do września i utracił miejsce w światowej czołówce. Ponownie udało mu się powrócić do tenisa w 2004 roku, w którym wygrał rywalizacje w Szanghaju, Stuttgarcie i Umagu. Argentyńczyk dotarł także do finału w Wiedniu.
W 2005 roku był po raz drugi w ćwierćfinale Rolanda Garrosa, przegrywając w pięciu setach z Mariano Puertą. Tego roku Cañas został zdyskwalifikowany na 2 lata za używanie środków dopingujących, co wykryło badanie przeprowadzone w lutym na turnieju w Acapulco.