W 1998 roku wprowadzono model Saab 9-3. Saab zapewniał, że wprowadzono blisko 1100 poprawek i ulepszeń, natomiast wizualnie oba modele różnią jedynie detale. Saab 9-3 I był produkowany do 2002 roku. Zmiana nazwy tłumaczona była potrzebą ujednolicenia nazewnictwa z właśnie debiutującym większym modelem 9-5.
Wyprodukowano łącznie 273 568 egzemplarzy.
Oryginalne rozwiązania Sensonic Skrzynia biegów Sensonic dostępna była wyłącznie w silnikach z turbodoładowaniem. Podobnie jak w zwykłej skrzyni biegów zastosowano klasyczną dźwignię zmiany biegów, wprowadzono jednak automatyczne, komputerowo sterowane sprzęgło. Sensonic zdobył wiele nagród, z czasem Saab wycofał się jednak z produkcji, ze względu na wysokie koszty napraw i dużą awaryjność.
Wersje wyposażeniowe S SE
Samochód występował w kilku wersjach wyposażenia, te same wersje mogły się od siebie różnić w zależności od tego, na jaki rynek były przeznaczone. W niektórych krajach konkretne warianty wyposażenia występowały tylko w połączeniu z określonym silnikiem (np.