Ponadto po sezonie 1989/1990 spadł z Atlante do drugiej ligi meksykańskiej.
Sam Cruz pozostał jednak wówczas w najwyższej klasie rozgrywkowej; bezpośrednio po relegacji został ściągnięty przez Ricardo La Volpe – swojego byłego trenera z Atlante – do prowadzonej przez niego drużyny Querétaro FC, będącej wówczas absolutnym beniaminkiem rozgrywek. Tam pełnił rolę podstawowego stopera zespołu, a ponadto 12 maja 1991 w zremisowanym 4:4 ligowym spotkaniu z Necaxą strzelił swojego premierowego gola w karierze. Po upływie roku powrócił do Atlante FC – który pod jego nieobecność powrócił do pierwszej ligi – gdzie tym razem został kluczowym punktem linii obrony. W sezonie 1992/1993 wywalczył z prowadzoną przez trenera La Volpe drużyną Atlante jedyny w swojej karierze tytuł mistrza Meksyku, tworząc pewny duet środkowych obrońców z Wilsonem Graniolattim. W 1994 roku dotarł natomiast do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF. Miejsce w wyjściowym składzie Atlante stracił dopiero pod koniec swojego pobytu w tym klubie.