Lenin zanegował takie rozwiązanie, wobec czego Pestkowski został odwołany z zajmowanego stanowiska. W latach 1917–1919 był organizatorem, a potem zastępcą komisarza w Komisariacie ds. Narodowości (przewodniczył J. Stalin). Pestkowski odpowiadał w Komisariacie za sprawy narodów Zachodu a Stalin za sprawy narodów WschoduWalentyna Najdus, „Lewica polska w Kraju Rad 1918–1920” PWN 1971, s. 20.. Przewodniczący Biura Centralnego do kierowania pracą partyjną na ziemiach okupowanych przez Niemców. Organ ten był elementem polityki bolszewickiej zmierzającej do powołania III Międzynarodówki mającej być w pierwotnym zamyśle „proletariackim rządem świata”Stanisław Sławomir Nicieja „Julian – Leszczyński – Leński” Książka i Wiedza 1979, s. 1148–1149.. W marcu 1918 r. wystąpił przeciwko leninowskiej koncepcji zawarcia separatystycznego pokoju z państwami CentralnymiWalentyna Najdus, „Lewica polska w Kraju Rad 1918–1920”, PWN 1971, s. 70.. Był również przeciwnikiem leninowskiego hasła "prawa narodów do samostanowienia" uważając, że należy je zastąpić ideą „prawa proletariatów narodowych do samostanowienia”Walentyna Najdus, „Lewica polska w Kraju Rad 1918–1920”, PWN 1971, s. 185..