W roku 1703 w czasie oblężenia miasta przez wojska szwedzkie doszło do poważnego pożaru ratusza. W jego wyniku uległ zniszczeniu prawie cały wystrój wnętrz, zegar, zawaliły się szczyty, a budynek do 1722 roku pozostawał bez dachu. W latach 1722–1728 i 1735–1738 dokonano odbudowy. W 1728 roku toruński mistrz Abraham Willow wykonał nowy zegar. Istniały również projekty z lat 1735–1736 przebudowy całego ratusza w stylu późnobarokowym. Projekty przypisano Janowi Baptyście Cocchiemu. Na początku XVIII wieku toruński rysownik Georg Friedrich Steiner stworzył 21 rysunków przedstawiających Ratusz. Jeden z rysunków Steinera przedstawia Ratusz przed jego zniszczeniem przez wojska szwedzkie.
Podczas II wojny światowej niemiecki architekt i urbanista Hans Döllgast zaprojektował nowy wystrój i wyposażenie wnętrz Ratusza.
W 1954 roku na ścianie zachodniego skrzydła Ratusza odsłonięto tablicę upamiętniającą przyłączenie Pomorza do Polski i złożenie hołdu Kazimierzowi IV Jagiellończykowi przez ziemię chełmińską. Tablicę wykonano z różowego wapienia. Inicjatorem upamiętnienia było Towarzystwo Miłośników Torunia. Na tablicy znajduje się napis: 1454 – 1954 W PIĘĆSETLECIE ODZYSKANIA POMORZA I HOŁDU ZIEMI CHEŁMIŃSKIEJ ZŁOŻONEGO W TYM MIEJSCU KRÓLOWI KAZIMIERZOWI JAGIELLOŃCZYKOWI.