Podczas wojny w Bośni, po rozpadzie Jugosławii, miasto było oblegane przez Bośniackich Serbów. Oblężenie rozpoczęło się 6 kwietnia 1992 r. i trwało do końca października 1995. Podczas oblężenia miasto było cały czas ostrzeliwane z otaczających gór, odcięte od dostaw wody i prądu, a żywność dostarczano nieregularnie. Zginęło ponad 10 500 osób, praktycznie wszystkie budynki zostały zniszczone lub uszkodzone. O walkach i związanych z nimi tragicznych dla mieszkańców skutkach opowiadają m.in. film dokumentalny Miss Sarajevo (1995), dramat wojenny Aleja snajperów (1997) i dramat społeczny Grbavica (2005). Powstały także piosenki „Miss Sarajevo”, opowiadająca o tragedii w tym mieście, autorstwa U2 i Luciano Pavarottiego oraz „Bosnia” zespołu The Cranberries. W latach 90. także w polskiej muzyce można było odnaleźć akcenty związane z sytuacją Sarajewa: punkowy zespół „Łysina Lenina” nagrał piosenkę o wspomnianych wydarzeniach pt. „Sarajewo”, a także zespół Balkan Electrique, piosenkę pt. „Sarajevo (Dimitrica II)”.
Od zakończenia wojny i zawarcia w listopadzie 1995 r. układu z Dayton, Sarajewo jest odbudowywane, głównie przy wsparciu finansowym Unii Europejskiej.