Amputacja lewej kończyny i konsekwencje Zakończywszy naukę w liceum w 1675 Verheyen postanowił zostać księdzem i rozpoczął studia teologiczne. Jednak w trakcie drugiego roku studiów Filip, z powodu zakażenia, musiał mieć amputowaną lewą nogę. Zdarzenie to okazało się punktem zwrotnym w jego karierze. Jako że Filip Verheyen był bardzo religijny, chciał aby jego ciało zostało pochowane w całości oczekując, że przy zmartwychwstaniu zostanie wskrzeszone razem z nogą. Warto nadmienić, że chirurgiem dokonującym amputacji był Dirk Kerkrinck, student anatoma Fryderyka Ruyscha. Kerkrinck przystał na nietypową prośbę Verheyena, aby odciętą nogę zachować do późniejszej konserwacji. Po operacji noga została odpowiednio spreparowana i umieszczona w zbiorniku z preparatem zapobiegającym rozkładowiJan Palfijn, Verhandelingen.
W trakcie i po rekonwalescencji Verheyen zaczął odczuwać bóle w miejscu amputowanej kończyny. W tamtych czasach podobne odczucia były traktowane jako urojenia pacjenta, więc Verheyen w trakcie swojej pracy jako anatom nie przyznawał się do odczuwania podobnego bólu w obawie przed utratą autorytetu. Podana przypadłość często występuje u ludzi, którzy utracili w jakiś sposób którąś z kończyn i dzisiaj diagnozuje się ją jako ból fantomowy.