W pewnych okresach miasto miało kilku współwłaścicieli, co nie sprzyjało rozwojowi miasta. W 1673 roku miasto posiadał starosta drohicki Zbigniew OssolińskiAnna Laszuk, Zaścianki i królewszczyzny : struktura własności ziemskiej w województwie podlaskim w drugiej połowie XVII wieku, Warszawa 1998, s. 120..
W 1764 roku ustanowiono w Mokobodach jedną z trzech kadencji sądów ziemskich, trwającą dwie niedziele, dla wygody obywateli zamieszkujących po lewej stronie Bugu. W 1774 roku król Stanisław August Poniatowski nadał Aleksandrowi Ossolińskiemu, staroście drohickiemu, przywilej na zaprowadzenie ośmiu jarmarków rocznie. W 1776 roku miasteczko liczyło 129 domów.
Ossoliński, nabywszy Mokobody, nie uznał dawnych praw przysługujących miastu i z czasem przywłaszczył sobie grunty i pastwiska należące do mieszczan. Ci wytoczyli proces, który trwał również pod następnymi dziedzicami – hr. Janem Jezierskim i Janem Chrzanowskim – co najmniej od 1839 roku. W XIX wieku dobra mokobodzkie należały kolejno do Jezierskich, od 1843 roku do Chrzanowskich, a następnie do Wandy z Chrzanowskich Kuczyńskiej.
W miasteczku działały dwa młyny wodne i szkoła początkowa.