Choć o jej wykształceniu niewiele wiadomo, faktem jest, iż dorastała w możnej rodzinie o rozległych kontaktach, na której dworach przebywali chorwaccy intelektualiści i pisarze oraz inni znamienici członkowie rodu, m.in. stryj Jeleny Nikola Zrinski.
Małżeństwa 1 marca 1666 została żoną Franciszka I Rakoczego, z którym doczekała się trójki dzieci, najsłynniejszy był Franciszek II Rakoczy. Po śmierci pierwszego męża (1676 r.) w 1682 r. wstąpiła w uświęcony związek z Imre Thökölym. Z drugim małżonkiem brała czynny udział w zorganizowanym przez niego powstaniu. Jelena wsławiła się prawie trzyletnią (1685–1688) obroną zamku Palanka (Palanok) w Mukaczewie. Kiedy dalsza obrona twierdzy stała się niemożliwa, Jelena poddała się Austriakom, sama zostając ich jeńcem.
Niewola, wygnanie i śmierć Hrabina została uwięziona w austriackim klasztorze i spędziła tam, z dwójką swoich dzieci, łącznie siedem lat. W tym czasie Thököly nadal prowadził w północno-wschodniej części kraju walkę z habsburskimi oddziałami. Dzięki sprzyjającym okolicznościom doszło do wymiany jeńców i w 1695 r. Jelena wróciła do męża.