W 2008 roku zajął z Atlasem drugie miejsce w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores, InterLidze, lecz podczas siedmioletniego pobytu w tym klubie nie zdołał zagwarantować sobie na dłużej miejsca w pierwszym składzie.
Wiosną 2009 Flores został po raz kolejny wypożyczony, tym razem do drużyny Jaguares de Chiapas z siedzibą Tuxtla Gutiérrez, gdzie od razu został podstawowym defensorem zespołu i po upływie roku został na stałe wykupiony przez zarząd klubu. Od tamtej pory okresy regularnej gry w wyjściowej jedenastce przeplatał nieudanymi sezonami, podczas których sporadycznie pojawiał się na boiskach.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/2000 Club Atlas
Primera División 5 0 2000/2001 Club Atlas
Primera División 1 0 2001/2002 Club Atlas
Primera División 9 0 2001/2002 Club León
Primera División 12 0 2002/2003 Club Atlas
Primera División 8 1 2002/2003 Querétaro FC
Primera División 8 0 2003/2004 Club Atlas
Primera División 17 0 2004/2005 Club Atlas
Primera División 0 0 2005/2006 Club Atlas
Primera División 4 0 2006/2007 Club Atlas
Primera División 0 0 2007/2008 Club Atlas
Primera División 11 1 2008/2009 Club Atlas
Primera División 5 0 2008/2009 Jaguares de Chiapas
Primera División 19 0 2009/2010 Jaguares de Chiapas