Prace wykończeniowe uświetniła konsekracja z 1777.
W 1784, w ramach reform józefińskich, zakon, który liczył 9 kapłanów i 3 braci, uległ kasacji. Kościół św. Mikołaja został zamieniony w 1786 na parafialny, a klasztor na probostwo. W 1796 przed kościołem ustawiono barokową rzeźbę św. Jana Nepomucena.
W latach 1842–1844 obok kościoła wybudowano gmach Uniwersytetu Lwowskiego. Kościół św. Mikołaja stał się kościołem uniwersyteckim.
Po 1945 kościół św. Mikołaja został zamieniony na cerkiew, a potem zamknięty.
W 1990 kościół i klasztor zostały przekazane Ukraińskiemu Kościołowi Prawosławnemu Patriarchatu Kijowskiego. Od 15 grudnia 2018 świątynia należy do Kościoła Prawosławnego Ukrainy.
Opis, architektura mały|Wnętrze świątyni Fasadę kościoła rozczłonkowują pilastry i zdobią woluty. Fryzy dzielą ją na trzy kondygnacje. Wnętrze kościoła jest trójnawowe, z długim prezbiterium, arkadowe, zdobione sztukaterią, wykonaną około 1746 przez ojca Łukasza od św. Feliksa (Pieczyckiego), przedtem szlachcica z Podlasia. Z tego też okresu pochodzi ołtarz główny, wykonany przez Fesingera, oraz ambona w kształcie Łodzi Piotrowej, częsty w owym czasie motyw dekoracyjny. Po obu stronach ołtarza są dwie kaplice ze sklepieniami krzyżowymi. W nawach bocznych umieszczono pięć rokokowych ołtarzy oraz przeniesiony z lwowskiej katedry, z kaplicy św.