Slighty wykorzystują również bossowie w grze, a jedyną możliwością ich przebicia jest tylko karta o wartości 0. W skład kart ataku wchodzą tylko Keychainy.
W skład kart magii wchodzą między innymi piorun, ogień, lód czy uzdrowienie. Wykorzystanie ich polega na takim samym działaniu, jak karty ataku – przykładowo gracz nie uzdrowi głównego bohatera, jeśli przeciwnik przebije wyższą wartością jego kartę uzdrowienia. Z kart magii również można stworzyć Slighty.
W przeciwieństwie do części pierwszej Sora nie zwiedza światów razem z Donaldem i Goofym, ale samodzielnie. Jego towarzysze pojawiają się tylko w walkach i tylko wtedy, gdy wybierze ich karty – są to Karty Przyjaciół, które posiadają swoje wartości (które oczywiście można przebić) oraz wykorzystywać w Slightach. Riku ma do dyspozycji kartę z królem Mikim.
Jeśli gracz zdobędzie nowy poziom doświadczenia, dokonuje wyboru, jakie atrybuty ulepszyć. W przypadku Sory są to HP (ilość zdrowia), CP (ilość miejsca na karty) oraz Slighty (nauka nowego ataku). W przypadku Riku są to HP, AP (siła ataku) oraz DP (siła Riku w trybie ciemności).